最初，军政大权操于议政王大臣会议，日常庶政归内阁。康熙时，皇权加强，南书房协助皇帝，参与机务。雍正时，创设军机处，为清代处理政务的最高权力机关。其他中央机关有吏、户、礼、兵、刑、工六部。都察院为监察机关。新增的理藩院管理少数民族和某些对外事务。另有内务府，照料皇室的生活和财产，管理宫廷太监、匠役。地方行政机构，大体分省、府、县三级，总督、巡抚为省级最高长官。