霉菌及霉菌毒素污染食品后，引起的危害主要有二个方面：霉菌引起的食品变质和霉菌产生的毒素引起中毒。霉菌污染食品可使食品的食用价值降低，甚至完全不能食用，造成巨大的经济损失。目前已知的霉菌素约有200余种，不同的霉菌其产毒能力不同，毒素的毒性作用也不同，按其化学性质可分为肝脏毒、肾脏毒、神经毒、细胞毒及类似性激素样作用。
所以，霉变部份的燕窝只能切割下来扔掉，剩余部份仍能正常食用。还没有霉变的剩余部份如觉得还有湿气，可放在空调下吹一晚，湿气就会消失。市场有很多含水率很高的燕窝，这种燕窝价格极其便宜，但鱼龙混杂。真燕窝的含水率最高也可达40-60%，即使放入木盒或防潮箱内储存仍会变质，如同《卖柑者言》中所谓“金玉其外、败絮其中”。优质燕窝即使不放在木盒内储存也是不会产生霉变的，到名店大店购买优质国际品牌的燕窝是杜绝燕窝出现霉变的最佳捷径。