本病实际是正常寄生在阴道内的细菌生态平衡(菌群)失调。生理情况下，阴道内有各种厌氧及需氧菌，其中以产生过氧化氢的乳杆菌占优势。细菌性阴道病时，阴道内乳杆菌减少而其他细菌大量繁殖，主要有加德纳尔菌、动弯杆菌及其他已成厌氧菌，部分患者合并支原体感染。其中以厌氧菌居多，厌氧菌的浓度可以是正常妇女的100~1000倍。厌氧菌繁殖的同时可产生胺类物质，碱化阴道，使阴道分泌物增多并有臭味。