病毒和木马从本质上是很难区别的，因为他们有时候会相互颠倒，理论上说，病毒是一种程序，木马也是一种程序，病毒的作用一般都在破坏方面，比如说占用你系统的内存，硬盘空间，自动删除你的系统文件，导致你系统瘫痪，等等，木马一般是黑客的盗窃工具，黑客可以通过你系统里的木马直接进入你系统的后台，窃取你的信息，不会对你的系统造成破坏。

病毒和木马的区别越来越模糊了，因为编制者在互相借鉴，木马借鉴病毒的传播性，而病毒借鉴木马的可控制性！

病毒：主要是执行作者意图的一段程序或代码，可以是具有破坏性、传染性、加密文件、格式化硬盘、删除文件、甚至是无聊玩笑等特征的！
例如：CIH、欢乐时光、熊猫烧香等。

木马：主要是偷窃中毒者的账号密码，甚至和《特洛伊木马》的故事一样，和放马者里应外合控制你的计算机！一般木马并不具备破坏性，并不会故意破坏用户数据（使系统异常，甚至崩溃，一般是木马作者编写水平太差引起的），这样才便于长期潜伏，偷窃资料！由于可以远程监控中马计算机，所以删除、修改文件可以随便选择，没有任何规律。
由于木马混合病毒可以控制摄像头，建议用户不使用摄像头时请断开摄像头连接线，避免隐私暴漏！
例如：QQ大盗、网银大盗、键盘幽灵等。

由于界限越来越模糊，所以目前这么分还是可以的，将来很可能就区分不出来了！而且杀毒厂商对两者的定义也不同，有的厂商把木马直接就当病毒处理！有的厂商就单独分离出来！
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<SPAN style=font-size:12px;color:#949494>该回答在2月4日 14:23由回答者修改过</SPAN>

病毒自己会危害你的机子!例如占用你的硬盘!破坏你的数据等等!
木马是别人的工具!用来盗窃密码,远程控制等等!
大家都知道以前的电脑病毒的作用,其实完全就是为了搞破坏,破坏电脑里的资料数据,除了破坏之外其它无非就是有些病毒制造者为了达到某些目的而进行的威慑和敲诈勒索的作用,或为了炫耀自己的技术. "木马"不一样,木马的作用是赤裸裸的偷偷监视别人和盗窃别人密码,数据等,如盗窃管理员密码-子网密码搞破坏,或者好玩,偷窃上网密码用于它用,游戏帐号,股票帐号,甚至网上银行帐户等.达到偷窥别人隐私和得到经济利益的目的.所以木马的作用比早期的电脑病毒更加有用.更能够直接达到使用者的目的!导致许多别有用心的程序开发者大量的编写这类带有偷窃和监视别人电脑的侵入性程序,这就是目前网上大量木马泛滥成灾的原因.鉴于木马的这些巨大危害性和它与早期病毒的作用性质不一样,所以木马虽然属于病毒中的一类,但是要单独的从病毒类型中间剥离出来.独立的称之为"木马"程序.

一般来说一种杀毒软件程序,它的木马专杀程序能够查杀某某木马的话,那么它自己的普通杀毒程序也当然能够杀掉这种木马,因为在木马泛滥的今天,为木马单独设计一个专门的木马查杀工具,那是能提高该杀毒软件的产品档次的,对其声誉也大大的有益,实际上一般的普通杀毒软件里都包含了对木马的查杀功能.如果现在大家说某某杀毒软件没有木马专杀的程序,那这家杀毒软件厂商自己也好象有点过意不去,即使它的普通杀毒软件里当然的有杀除木马的功能.

还有一点就是,把查杀木马程序单独剥离出来,可以提高查杀效率,现在很多杀毒软件里的木马专杀程序只对木马进行查杀,不去检查普通病毒库里的病毒代码,也就是说当用户运行木马专杀程序的时候,程序只调用木马代码库里的数据,而不调用病毒代码库里的数据,大大提高木马查杀速度.我们知道查杀普通病毒的速度是比较慢的,因为现在有太多太多的病毒.每个文件要经过几万条木马代码的检验,然后再加上已知的差不多有近10万个病毒代码的检验,那速度岂不是很慢了.省去普通病毒代码检验,是不是就提高了效率,提高了速度内? 也就是说现在好多杀毒软件自带的木马专杀程序只查杀木马而一般不去查杀病毒,但是它自身的普通病毒查杀程序既查杀病毒又查杀木马!
参考资料：http://hi.baidu.com/relaxinglove

据我所知木马在你系统当中不影响你的正常的工作和游戏，只是把你敲击键盘的记录做成邮件形式发送到木马作者的邮箱里。。一般木马不会删除或是造成系统崩溃，，

木马的传播方式和普通病毒不太一样，普通病毒是通过接受邮件登录网页接种上的，而木马传播的方式大多数是通过下载（wuai挂，电影，软件）接种上的qq文件的接收传送也容易接种上木马。

木马大多数不会让你感觉到系统变慢。。他主要隐藏起来窃取你的所有帐号密码。如果你的系统变慢或是发现CPU占用率达到100%估计是破坏病毒，就看病毒作者的是什么意图了。

前几天出现的熊猫烧香病毒就是破坏病毒，破坏你的系统。这杨的病毒就不是木马，，

个人认为病毒的危害大不大在于病毒编写者的意图。
木马危害大不大在于使用木马者。

区别在于木马不传染,病毒传染，木马主要是盗取的密码及其他资料，而病毒是不同程度不同范围的影响电脑的使用,木马的作用范围是所有使用这台有木马的人在使用电脑时的资料,但是不会传染到其他机器,但是病毒可以随着软盘， U盘,邮件等传输方式或者媒介传染到其他机器.

严重不严重?我举个例子,你的机器中了木马,这个木马是盗取QQ密码的,那么只要有人在这台机器上登陆了自己的QQ,密码就会被盗.你觉得严重么?

电脑有了病毒,轻的话，就是影响你的电脑运行速度，或者是没完没了给你报各种垃圾信息，这都是小事情,重的，让你开不了机,你觉得严重么?

杀毒和杀木马要用不同的软件，比如金山毒霸,瑞星,诺顿,卡巴斯基这些软件是针对病毒的，但注意随时更新病毒库,而他们对木马无效.

杀木马的工具是专有的，比如金山的木马专杀，还有其他一些杀木马的工具,你也可以去搜索，但是,木马和病毒不同,有的时候即使用了这些软件也无法查杀一些木马，如果影响严重，只能重新做系统!

病毒、木马都是人编写的代码
下面是卡巴词典的解释：
《蠕虫》：
蠕虫程序主要利用系统漏洞进行传播。它通过网络、电子邮件和其它的传播方式，象蠕虫一样从一台计算机传染到另一台计算机。因为蠕虫使用多种方式进行传播，所以蠕虫程序的传播速度是非常大的。
蠕虫侵入一台计算机后，首先获取其他计算机的IP地址，然后将自身副本发送给这些计算机.蠕虫病毒也使用存储在染毒计算机上的邮件客户端地址簿里的地址来传播程序。虽然有的蠕虫程序也在被感染的计算机中生成文件，但一般情况下，蠕虫程序只占用内存资源而不占用其它资源。
《病毒》：
当已感染的软件运行时，这些恶性程序向计算机软件添加代码,修改程序的工作方式,从而获取计算机的控制权。这只是关于病毒感染的一个简单定义。
《木马》：
木马程序是指未经用户同意进行非授权操作的一种恶意程序。它们可能删除硬盘上的数据，使系统瘫痪，盗取用户资料等。严格意义上说，特洛伊木马不是病毒（也就是说它们并不感染软件或者数据）。木马程序不能独立侵入计算机，而是要依靠黑客来进行传播，它们常常被伪装成“正常”软件进行散播。但木马程序造成的损失可能远远超过因常规病毒引起的损失.。
最近，,蠕虫成为传播最快的一种恶意程序，其次是病毒和特洛伊木马。某些恶意程序仅具备上述某种特征，有的甚至同时具备上述两种或者三种特征。

病毒是执行破坏的作战敢死队。
木马是间谍。是偷窃的。